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壹、事實概要
被X公司併購之甲公司，於一九九九年一月初前後，與訴外人乙公司簽訂買賣契約，向乙公司購買其於一九九九年一月四日前所為有關超電容技術之全部發明專利，包括簽約時已為申請嗣後方始核發之專利，本案系爭專利「供電能儲存用之高表面積金屬氮化物或金屬氧氮化物」（我國第一二四一四五號發明專利），業經仲裁判斷認定確屬系爭買賣標的之一。本案契約締結當時，系爭專利尚於我國智慧財產局審查中，至二○○○年十一月二十一日方由該局進行審定公告，由原申請人乙公司取得其專利權。惟乙公司於前述公告日前之二○○○年七月中，又將系爭專利出售給丙公司，嗣因甲公司於同年九月二十二日提起仲裁，丙公司乃將其與乙公司間所定上開契約之權利義務，以一元之價格轉讓給於同年九月二十八日方始設立之Y公司，並於同年十一月八日由乙公司與Y公司共同辦理系爭專利權之移轉登記。Y公司董事長丁，於本案契約簽訂時，擔任乙公司之負責人，對於本案契約始末知之甚稔。
二○○二年六月中，X公司因合併甲公司而承受其權利義務，認為系爭專利權已因本案契約約定歸屬於甲公司，進而應由該公司繼受此一專利權。X公司認為，甲公司與乙公司間雖未辦理系爭專利權之移轉登記，但系爭專利權既已因本案契約約定而歸屬於甲公司，乙公司在喪失系爭專利權後，再將其出售給丙公司之行為，即屬無權處分；縱令乙公司與Y公司間已辦妥系爭專利權移轉登記，亦對甲公司及繼受其權利之X公司不生效力，X公司仍為系爭專利之專利權人。基此觀點，X公司乃對Y公司提起訴訟，除請求確認其為系爭專利之專利權人外，並請求禁止Y公司就系爭專利權為任何處分、利用行為。
第一審法院就上開請求，判決X公司勝訴，Y公司不服，提起上訴；第二審法院仍做出Y公司敗訴之判決，Y公司不服，再度提起上訴，而有本案判決。本案判決支持原審判斷，駁回Y公司之上訴。
貳、判決理由
本案訴訟主要爭點有三：一、未進行登記之專利權移轉效力為何；二、專利法第五九條「非經向專利專責機關登記，不得對抗第三人」之「對抗」其意義及效力為何；三、前開「第三人」是否限定於「惡意第三人」？
本案判決就結果而言，雖與原審（高等法院九五智上二四號）一致，但於上開三項爭點之闡明及論述上，則有重要迥異之處。以下，就原審判決理由與本案判決理由，分別予以摘錄。……未完
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