本規則依傳染病防治法第五十九條第三項規定訂定之。

本規則用詞，定義如下：
一、港埠：指設置於我國（境）內之國際港埠與國內港埠。
二、國際港埠：指主要供國際運輸工具及其人員入出之港埠或指定特殊港埠。
三、國內港埠：指國際港埠以外之港埠。
四、港埠經營管理機關（構）：指依法負責港埠經營管理之機關，或受港埠主管機關委託、委任或委辦負責港埠經營管理之機關或公、民營事業機構。
五、運輸工具：指船舶、航空器。
六、國內續航：指船舶自國（境）外入國（境）後至駛離我國期間，繼續至我國其他港埠航行或靠泊。
七、船舶衛生證明書：指船舶免予衛生管制證明書或船舶衛生管制證明書。
八、傳染病病人：指感染傳染病或疑似傳染病之病人，以及感染傳染病病原體之人。

國際港埠之檢疫單位為衛生福利部疾病管制署；國內港埠之檢疫單位為所在地之地方主管機關。

檢疫單位發現傳染病或疑似傳染病時，應將傳染病病人及其接觸者之資料，傳送至居住地之地方衛生主管機關辦理追蹤防治。

國際港埠經營管理機關（構）應會同檢疫單位組成工作小組或會報，協調各機關（構）、公、民營事業機構，以確保該港埠具備下列能力：
一、提供旅客適宜醫療服務。
二、提供旅客安全衛生環境，包括飲水、食物、盥洗、廢棄物處理、室內空氣品質及病媒管制。
三、對可能構成國際關注之公共衛生突發事件，及時為適切之應變。

檢疫單位得於港埠設檢疫站，並辦理下列事項：
一、人員健康之監視。
二、運輸工具之檢疫。
三、港區及運輸工具病媒之監測。
四、其他中央主管機關公告之事項。

國內、外流行疫情有傳入、出國（境）之虞時，檢疫單位得採行下列措施；必要時得商請各機關（構）、公、民營事業機構協助，或會同為之：
一、對人員、物品、郵包、行李、屍體、貨櫃、貨物與運輸工具，施行管制及防疫措施。
二、督導運輸工具之所有人、使用人、管理人、駕駛人或代理人（以下簡稱負責人）及港埠內各機關（構）、公、民營事業機構，施行環境消毒或病媒防治措施。
前項之措施由港埠經營管理機關（構）動員，並協調港埠內各機關（構）、公、民營事業機構配合辦理之。

運輸工具應接受檢疫。但有下列情形之一者，不在此限：
一、供軍用。
二、僅航行於國內港埠間。
三、無人員上下及貨物裝卸之過境。
前項各款所列運輸工具在航行中發現有傳染病病人或其屍體，或有其他防治需要時，仍應接受檢疫。

自國（境）外進入國際港埠之船舶，應於抵港前七十二小時至四小時期間，由船長向檢疫單位通報下列事項：
一、船舶名稱、呼號及航次。
二、最後啟航地點、日期及時間。
三、抵達前三十日內停泊之港口及啟航日期。
四、預定抵達之日期及時間。
五、船舶衛生證明書之種類、發給地點及日期。
六、工作人員及旅客人數。
七、抵達前三十日內，船舶上有無發現人員死亡或傳染病病人及其相關資料。
八、抵達前三十日內，船舶上有無發現不明原因之動物死亡情形。
九、有無鼠類或病媒孳生。
十、其他相關事項。
船舶於當次航行時間未達四小時者，經檢疫單位許可，得於啟航前完成通報。
經通報後，有人員死亡或發現傳染病病人時，應立即向檢疫單位通報其感染或死亡之人數、姓名、症狀或死因等相關資料。
檢疫單位依前三項之通報，認為該船舶無散播傳染病之虞時，許可入港。

國（境）外進入國際港埠之船舶，應檢具下列資料，向檢疫單位完成進入港埠檢疫手續：
一、海事衛生聲明書。
二、航程表。
三、船舶衛生證明書。
四、其他檢疫必要之資料。
下列船舶，得免檢具前項第一款至第三款資料：
一、總噸位五百噸以下遊艇。
二、無動力駁船。
三、遠洋漁船以外之漁船。
檢疫單位於必要時，得派員檢查船舶之衛生狀況。

船舶於駛離國際港埠前，應經檢疫單位許可，始得出港。
檢疫單位依第九條通報內容，認為船舶無散播傳染病之虞時，得於許可入港時，一併許可其出港。

檢疫單位獲知新事證，認為船舶有散播傳染病之虞時，得廢止其入港及出港許可。