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營業稅溢繳退還在申報與申請程序上的差異和實務疑義

文章發表: 2026/3/12

編輯部

壹、前 言

加值型及非加值型營業稅法(下稱營業稅法)第39條規定:「Ⅰ.營業人申報之左列溢付稅額,應由主管稽徵機關查明後退還之:一、因銷售第7條規定適用零稅率貨物或勞務而溢付之營業稅。二、因取得固定資產而溢付之營業稅。三、因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者,其溢付之營業稅。Ⅱ.前項以外之溢付稅額,應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者,得報經財政部核准退還之。」第1項規定,從文義可知係由稅局就營業人之申報內容,查明後退還。第2項但書則僅規定由稅局報經財政部核准後退還,並未規定是否由營業人申請或申報;但實務上是由營業人申請,再由稅局報經財政部核准後退還。換言之,都是溢付稅額的退還,第1項規定是以「申報書」的形式向稅局主張之;第2項但書規定則是以「申請書」的形式為之。本文將介紹實務上經財政部依據第2項但書規定核准之解釋函令。

貳、第2項但書例外規定准予退還溢付稅額之探討

營業稅法第39條第2項但書規定「情形特殊者,得報經財政部核准退還之」,未例示何種情形符合特殊;實務上是透過財政部諸多解釋建構出特殊情形,並授權稅局查明後核實退還,免逐案報經財政部核准。此種空白授權,顯示立法者想讓財政部享有完全主導權,保有視社會經濟發展需要予以規範的彈性;雖不具體明確,但因為是對營業人有利,尚不違反授權明確性原則。

又依此規定退稅,與依第1項規定退稅之差別,除前述向稅局主張的方式不同外,更大的差別在於其退稅金額之計算,大多並非依營業稅法第15條第1項規定:「營業人當期銷項稅額,扣減進項稅額後之餘額,為當期應納或溢付營業稅額。」計算某一個申報期別之溢付稅額,而是與申報期別脫鉤,就財政部解釋所示之情形,個別確認其溢付稅額,可能也不考慮該情形所涉期別的其他銷項稅額、進項稅額及留抵稅額。是其准駁多與申報內容無涉,並非核定稅捐處分;如有不服,無復查程序之適用。簡言之,第2項但書所稱之溢付稅額與第1項並不相同,並非某一期別的銷項稅額,扣減進項稅額後之餘額。

一、辦理登記前或開始營業前取得之進項稅額

類此解釋係針對辦理商業登記或稅籍登記前,因為籌備開業需要,購買固定資產、貨物或勞務取得之進項稅額,基於減輕營業人負擔、鼓勵創業之目的,准予核實退還。財政部出版110年版《營業稅證券交易稅期貨交易稅法令彙編》營業稅法(下稱法令彙編)第39條部分第2~7則均屬之。例如第2則財政部75年8月28日台財稅第7566121號函:「○○大飯店股份有限公司目前正在籌備期間,尚未開始營業,其取得固定資產之進項稅額,准予在辦妥營業登記後,依照營業稅法第39條第2項規定,由主管稽徵機關查明進項貨物確屬該公司所使用,核實退還。」

如無該等解釋,營業人是否可以在辦理登記後,將該等憑證申報為進項稅額,並非無疑;蓋依統一發票使用辦法第7條第1項第1款規定,三聯式統一發票是「專供營業人銷售貨物或勞務與營業人……。第一聯為存根聯,由開立人保存,第二聯為扣抵聯,交付買受人作為依本法規定申報扣抵或扣減稅額之用,第三聯為收執聯,交付買受人作為記帳憑證」。同辦法第9條第1項第1款規定:「營業人開立統一發票,除應分別依規定格式據實載明字軌號碼、交易日期、品名、數量、單價、金額、銷售額、課稅別、稅額及總計外,應依下列規定辦理。但其買受人為非營業人者,應以定價開立。一、營業人使用三聯式統一發票者,應載明買受人名稱及統一編號。」是營業人在辦理登記前,既無統一編號,即無法取得三聯式統一發票,自無扣抵聯,當然就無法提出符合營業稅法施行細則第38條第1項第1款規定:「本法第4章第1節規定計算稅額之營業人,依本法第35條規定,應檢附之退抵稅款及其他有關文件如下:一、載有營業稅額之統一發票扣抵聯。」縱然取得二聯式收銀機統一發票,亦因無統一編號,而與同條項第3款規定「載有營業人統一編號之二聯式收銀機統一發票收執聯影本」不合,是無從申報為進項稅額扣抵或扣減稅額。

然而,籌備期間購買之貨物或勞務,如確實係供營業使用,卻無法扣抵銷項稅額,實與營業稅就加值部分課稅之立法意旨不合,容有重複課稅之虞。是以,透過營業稅法第39條第2項但書規定,以落實立法意旨,確有必要;而且准予退還,而非留抵應納營業稅,也是因營業人創業之初可能需投入鉅額資金,但銷項稅額卻是慢慢發生,為減輕資金壓力之考量。最高行政法院108年度裁字第1726號裁定理由四、1.即指出:「在『進項稅額一次大量發生,對應之銷項稅額則長期緩慢形成』之情形,營業稅法制亦有特定之『退還留抵稅額』機制,以免造成資金積壓妨害經濟發展。例如購進固定資產之進項稅額得即時退還規定,還有營業稅法第39條第2項但書之規定。」

又為解決無統一編號的問題,財政部80年2月12日台財稅第790735791號函說明二:「公司在未經核准登記前,不宜以籌備處名義按合夥辦理登記,本部已於75/06/19台財稅第7523354號函規定在案。至公司組織之營利事業在未經主管機關核准登記並賦予營利事業統一編號前,購買貨物或勞務,所取得之二聯式統一發票,並已入帳者,可於辦妥營業登記後 ……由稽徵機關依營業稅法第39條第2項規定查明進項貨物或勞務,確實歸屬公司後,核實退還其進項稅額。」讓營業人得以申報未載有統一編號之二聯式統一發票為進項憑證,以落實加值稅讓最終消費者承擔營業稅負之立法意旨......(閱讀全文請參考月旦財稅實務釋評月旦知識庫

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