本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第三十九條第二項規定訂定之。

本辦法用詞，定義如下：
一、事業：指本法第二條第四項所稱之醫療機構及以衛生福利部（以下簡稱本部）為目的事業主管機關並經行政院環境保護署指定之事業。
二、再利用：指事業將其事業廢棄物自行或送往再利用機構作為原料、材料、燃料、工程填料、土地改良、新生地、填土（地）或經本部認定用途之行為。
三、再利用機構：指從事收受事業廢棄物進行前款行為，且經政府機關登記有案或依法律規定免辦理登記之農工商廠（場）。

屬依本法第三十一條第一項公告之事業，於其事業廢棄物清理計畫書經主管機關核准後，始得於機構內自行再利用；其非屬公告之事業者，得自行於機構內再利用。
事業及再利用機構，應依附表所列醫療事業廢棄物種類及管理方式，進行再利用。
前項附表所列之事業廢棄物再利用用途，有污染環境之虞者，本部得暫停其再利用；其原因消失時，應即解除之。
事業廢棄物依其他中央目的事業主管機關之規定得再利用者，得逕依其規定進行再利用。
非屬第二項附表及前項所列事業廢棄物種類及管理方式者，應經本部審查許可，取得許可證後，送往再利用機構再利用。

前條第四項再利用許可之申請，由再利用機構檢具申請書及再利用計畫書一式十份，向本部為之。
前項再利用計畫書內容，應包括下列事項：
一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、再利用計畫。
四、試運轉計畫。
五、污染防治計畫。
六、再利用產品品管及銷售計畫。
七、異常運作處理計畫。
八、緊急應變計畫。
九、國內外再利用可行性實廠實績或佐證資料。
十、免實施環境影響評估或已通過環境影響評估之證明文件。
十一、其他經本部指定之文件。
前項各款證明文件為外文者，應檢附駐外使領館、代表處、辦事處或其他經授權之機構認證之中譯本。

再利用機構無前條第二項第九款國內外再利用可行性實廠實績或佐證資料者，應由事業及再利用機構共同檢具試驗計畫申請書及試驗計畫書一式十份，經本部核准後，進行再利用試驗計畫。
前項再利用試驗計畫書內容，應包括下列事項：
一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、再利用計畫。
四、污染防治計畫。
五、試驗期間之品管計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
八、相關佐證資料。
九、其他經本部指定之文件。
第一項試驗期間，以三個月為限；必要時，得向本部申請延長，其延長期間為三個月，並以二次為限。
事業及再利用機構於試驗計畫期間屆滿之次日起三十日內，檢具試驗結果報本部核准者，得作為國內實績，並依前條規定提出再利用許可申請。再利用機構於試驗期間產生之剩餘及衍生廢棄物，應依本法第二十八條或第三十九條規定辦理。
前項試驗結果之內容，應包括本部核准之試驗計畫申請書內規定之運作、檢測及監測紀錄。

前二條及第十二條規定之申請書、再利用計畫書或試驗計畫書經書面審查，其內容資料欠缺者，本部應於十五個工作日內通知限期補正；屆期未補正者，本部得逕予駁回。
申請書、再利用計畫書或試驗計畫書經前項書面審查後，本部得邀集相關領域學者專家及主管機關實質審查，必要時，得至現場勘查。審查後認其內容有修正必要者，由本部通知限期修正；屆期未修正者，本部得逕予駁回。
前二項補正、修正次數，合計不得超過三次。

依第四條申請許可再利用者，經本部審查通過後，應發給再利用許可證，並副知本法中央主管機關、再利用機構所在地之直轄市、縣（市）主管機關及再利用用途之目的事業主管機關。

再利用許可證，應記載下列事項：
一、再利用機構名稱、地址、負責人。
二、再利用事業廢棄物來源產業、種類（代碼）、名稱、每月許可再利用數量及用途。
三、核發日期及有效期限。
四、其他經本部規定事項。

再利用機構應依審查通過之申請書、再利用計畫書、試驗計畫書及本辦法規定，進行再利用。

取得再利用許可證之再利用機構於經營事業廢棄物再利用業務前，應與事業訂定契約書，並於訂定契約書之次日起三十日內，檢具該契約書送本部備查，並副知再利用機構所在地之直轄市或縣（市）主管機關；變更契約書內容或終止契約時，亦同。
前項契約書，應記載下列事項：
一、事業廢棄物之種類、成分及數量。
二、再利用工具、方法、設備及場所。
三、契約書有效期限。
四、該再利用機構因故無法繼續運作時，對其尚未再利用之廢棄物處置方式。
五、對突發事件之應變措施。

再利用許可證之有效期限，不得逾五年。事業或再利用機構於有效期限屆滿日三個月前至六個月內，得向本部申請展延，每次展延不得逾五年；屆期未申請展延者，其許可證失效，不得從事再利用業務；欲繼續從事再利用業務者，應重新申請許可。

再利用許可證有效期限之展延，由再利用機構填具申請書及再利用計畫書一式十份，向本部申請。
前項再利用計畫書內容，應包括下列事項：
一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、再利用計畫。
四、再利用產品銷售紀錄。
五、工安環保檢測及監測資料。
六、其他經本部指定之文件。