醫療機構應將表示捐贈器官意願者及待移植者之相關資料，通報中央主管機關；其方式，由中央主管機關定之。
中央主管機關應捐助成立專責機構，推動器官捐贈、辦理器官之分配及受理前項、前條第三項與第四項通報、保存及運用等事項，必要時並得設立全國性之器官保存庫。器官分配之內容、基準、作業程序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
主管機關、醫療機構與有關機構、團體及其人員，因業務而知悉之表示捐贈器官意願者、待移植者及受移植者之姓名及相關資料，不得無故洩漏。
醫院為配合器官捐贈風氣之推動，應主動建立勸募之機制，向有適合器官捐贈之潛在捐贈者家屬詢問器官捐贈之意願，以增加器官捐贈之來源。
中央主管機關得對死後捐贈者之親屬，酌予補助喪葬費；其補助標準，由中央主管機關定之。

摘取器官之醫療機構，應將完整之醫療紀錄記載於捐贈者病歷，並應善盡醫療及禮俗上必要之注意。
器官捐贈者所在之醫療機構應於受移植者之醫療機構施行移植手術前，提供捐贈者移植相關書面檢驗報告予受移植者之醫療機構，受移植者之醫療機構並應併同受移植者之病歷保存。

任何人提供或取得移植之器官，應以無償方式為之。

經摘取之器官不適宜移植者，應依中央衛生主管機關所定之方法處理之。

經摘取之器官及其衍生物得保存供移植使用者，應保存於人體器官保存庫。
前項人體器官保存庫之設置，應經中央主管機關許可；其設置者之資格、條件、申請程序、應具備之設施、許可之審查與廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
人體器官保存庫保存器官，得酌收費用；其收費應經直轄市或縣（市）主管機關核定。

人體器官、組織、細胞應經中央衛生主管機關核准，始得輸入或輸出。
前項輸入或輸出人體器官、組織、細胞之申請條件、程序及其他應遵行事項之辦法，由中央衛生主管機關定之。

捐贈器官供移植之死者親屬，直轄市或縣（市）政府得予表揚。其家境清寒者，並得酌予補助其喪葬費。

仲介器官移植或器官之提供、取得，違反第十二條規定者，處一年以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰金。
中華民國人民在中華民國領域外犯前項之罪者，不問犯罪地之法律有無處罰之規定，均依本條例處罰。
醫事人員違反第一項規定且情節重大者，並得廢止其醫事人員證書。
有下列情形之一者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰，其為醫事人員且情節重大者，並得廢止其醫事人員證書：
一、醫師違反第四條第一項或第五條規定。
二、醫療機構以偽造或虛偽不實之內容，通報第十條之一第一項之資料。
三、違反第十四條第一項規定。
違反前項第一款或第二款規定者，中央主管機關並得廢止醫院或醫師施行器官摘取、移植手術之資格。

有下列情形之一者，處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰，其輸入之器官、組織、細胞，應立即封存，於一個月內退運出口、沒入或就地銷燬：
一、未經中央主管機關核准輸入或輸出人體器官、組織、細胞。
二、無中央主管機關核准輸入或輸出人體器官、組織、細胞之證明文件，而販賣、供應、運送、寄藏、媒介、轉讓或意圖販賣而陳列。
醫院、醫師或病人有下列情形之一者，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰：
一、違反第九條第一項規定。
二、違反第十條第三項或第四項規定。
三、違反第十條之一第二項所定器官分配基準或第三項規定。
四、違反第十一條第二項規定。
五、違反第十三條規定。

有下列情形之一者，處新臺幣十二萬元以上六十萬元以下罰鍰；其為醫師者，並得處一個月以上一年以下停業處分或廢止其執業執照：
一、以偽造或虛偽不實之資格、條件等文件申請施行器官摘取、移植手術之核定。
二、違反第十條第一項規定。
三、違反第十條第二項所定醫院、醫師及眼角膜摘取技術員應遵行事項之辦法。
四、違反第十條之一第二項所定器官分配內容及應遵行事項之規定。
違反前項第一款、第三款或第四款規定者，中央主管機關並得廢止醫院、醫師或眼角膜摘取技術員施行器官摘取、移植手術之資格。

有下列情形之一者，處新臺幣九萬元以上四十五萬元以下罰鍰：
一、醫院或醫師違反第六條第一項、第七條或第八條規定。
二、於廣告物、出版品、廣播、電視、電子訊號、電腦網路或其他媒體，散布、播送或刊登器官買賣、其他交易或仲介訊息。
媒體經營者違反前項第二款規定者，亦同。

有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並令限期改善或退還收取之費用；屆期未改善或未退還者，按次處罰，情節重大者，並得廢止其許可：
一、違反第十四條第二項所定人體器官保存庫設置者條件、應具備之設施及其他應遵行事項之規定。
二、違反第十四條第三項收費規定，超額或自立名目收費。