本辦法依傳染病防治法（以下簡稱本法）第四十六條第二項規定訂定之。

本辦法用詞，定義如下：
一、檢驗機構：指由中央主管機關指定、委託或認可，從事傳染病檢體檢驗之衛生機關、醫事機構、學術或研究機構。
二、實驗室認證機構：指對實驗室之檢驗能力及品質，依國際標準進行符合性評鑑及認證之機構。
三、實驗室能力試驗：指藉由實驗室間之比對以評估實驗室測試或校正能力之試驗。

傳染病檢體採檢項目、採檢時間及送驗方式如下：
一、採檢項目：傳染病檢體及病原體。
二、採檢時間：投藥前、投藥後、潛伏期、發病期及恢復期。
三、送驗方式：檢體保存溫度及包裝方式。
中央主管機關於依本法第三條第二項公告傳染病名稱時，應同時公告前項檢體採檢項目、採檢時間及送驗方式。

傳染病檢體於運送途中發生外溢情事時，運送相關人員應立即通知託運單位；託運單位於接獲通知後，應立即通知直轄市、縣（市）政府，並為必要之處置。

執行傳染病檢體之採檢及檢驗等相關人員，應依傳染病危害風險程度高低，採取適當防護措施。

符合下列資格者，中央主管機關得指定為指定檢驗機構：
一、具備符合感染性生物材料管理辦法所定第三級或第四級實驗室。
二、置有經生物安全訓練合格之實驗室人員。
三、備有與操作檢體相當等級之生物安全管理措施及文件。
前項指定，除書面審查外，得辦理實地訪查、驗證。

符合下列資格者，中央主管機關得經公告甄選程序，選定為委託檢驗機構：
一、使用中央主管機關規定之標準檢驗方法。
二、經實驗室能力試驗合格。
三、通過與委託檢驗項目及方法相當等級實驗室之生物安全檢測。
四、備有與操作檢體相當等級之生物安全管理手冊或規定。
委託檢驗機構以辦理本法第二類、第三類或第四類傳染病之檢驗為限。

符合下列資格之一者，得向中央主管機關申請為認可檢驗機構：
一、經實驗室認證機構認證通過。
二、經實驗室能力試驗合格。
前項申請，應檢具下列文件：
一、申請書。
二、實驗室資格證明文件。
三、標準檢驗方法。
四、備有與操作檢體相當等級之生物安全管理手冊或規定。
認可檢驗機構以辦理經認可之本法第二類、第三類或第四類傳染病之檢驗為限。

經指定、委託或認可為檢驗機構者，其期限最長為四年。

檢驗機構應於完成本法第一類或第五類法定傳染病之檢驗後一個月內，將驗餘之檢體送中央主管機關保存。
指定或委託檢驗機構應於完成檢驗後一個月內，將分離之病原體、經確認內含病原體或其抗體之血清或血漿檢體送中央主管機關保存。
中央主管機關因防疫需要，得通知檢驗機構將指定之檢體或分離之病原體送中央主管機關保存。

除本法第一類及第五類法定傳染病檢體外，檢驗機構於完成檢驗報告後，檢體應保存至少三日，始得銷毀。但分離之病原體、經確認內含病原體或其抗體之切片、血片、血清或血漿檢體，應保存至少三十日始得銷毀。

檢驗機構應於檢驗期限內完成檢驗及報告，並向各級主管機關通報檢驗結果。
檢驗機構操作傳染病檢體，對於檢體保存、檢驗品質及檢驗報告異常之處理，應依中央主管機關所定之品質保證作業要求辦理。