壹、前　言

作為農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅，為立法者賦予得申請不課徵土地增值稅之請求權人，得依土地稅法第39條之2第1項及第39條之3之規定，遵期向稽徵機關申請將該次農業用地移轉時原應課徵之土地增值稅，暫時不予課徵之權利，若未遵期申請，即喪失得申請不課徵土地增值稅之請求權，非謂符合得申請之要件，即當然發生不課徵土地增值稅之效果，向為最高行政法院之見解。

惟，經依土地稅法第39條之2第1項規定取得暫免不予課徵土地增值稅之土地後再移轉，發生依法應課徵土地增值稅時，土地稅法第39條之2第4項所規定以「土地稅法2000年1月6日修正施行日當期之公告土地現值作為原地價」之土地增值稅稅基計算方式，是否亦屬人民協力提出申請後始得適用之規定？或屬稽徵機關應本於職權適用之規範？本文將透過最高行政法院112年度上字第255號判決意旨，分析土地稅法第39條之2第4項規定之土地增值稅稅基適用性質。

貳、案例事實

本件自然人甲係於2012年1月11日向乙、丙二自然人購得系爭土地，乙、丙二人並曾就該次移轉系爭土地之行為申請不課徵土地增值稅獲准。

其後，甲於2015年6月10日再將此使用分區經編定為工業區丁種建築用地之系爭土地出售予法人丁，並於2015年6月11日向臺南市政府財政稅務局新化分局（下稱臺南財稅局）填具土地增值稅（土地現值）申報書（下稱土增稅申報書）申報「原規定地價或前次移轉現值之原因發生日期為77年11月、每平方公尺為新臺幣（下同）240元，申報移轉現值為按公告土地現值計課」。經臺南財稅局據以核定應納土地增值稅為10,338,635元，甲即於2015年6月26日依臺南財稅局核定之稅額繳納完畢，並於2015年7月1日完成系爭土地移轉登記。

嗣後，甲主張系爭土地於2000年1月28日土地稅法修正公布生效時，為作農業使用之農業用地，遂於2022年5月17日向臺南財稅局提出土地增值稅更正申請書，申請系爭土地之移轉應依土地稅法第39條之2第4項規定，以2000年1月28日土地稅法修正生效當期公告土地現值為原地價課徵土地增值稅，並請求臺南財稅局退還溢繳稅款。

惟臺南財稅局認本案自2015年6月26日土地增值稅繳納日起已逾2021年12月17日稅捐稽徵法修正公布前（下稱修正前稅捐稽徵法）第28條第1項所規定之5年申請期限，且無2021年12月17日稅捐稽徵法修正公布後（下稱修正後稅捐稽徵法）同條第1項前段規定之適用，遂以2022年5月24日函（下稱原處分）否准甲之請求。

甲不服原處分決定，經提起訴願遭決定駁回，復提起行政訴訟仍遭高雄高等行政法院駁回，現於提起上訴後經最高行政法院廢棄高雄高等行政法院判決，並發回高雄高等行政法院審理中。

參、各級法院見解

一、高雄高等行政法院：維持原處分及訴願決定，駁回甲之起訴

高雄高等行政法院認為，農業用地移轉時是否得適用土地稅法第39條之2第4項規定，以2000年1月28日之公告現值墊高計算原地價（使漲價之稅基金額減少），屬該次移轉之納稅義務人得享有之權利，須由依法得享有權利之人向稽徵機關提出申請作為權利之行使，並非合於要件即當然適用。且，納稅義務人對構成土地稅法第39條之2第4項退稅請求權發生之要件事實，應由對其有利之納稅義務人負擔舉證責任。

因此，高雄高等行政法院以本件甲係自行申報以1988年11月公告土地現值作為原地價，而未依土地稅減免規則第24條第2項規定，檢附系爭土地符合土地稅法第39條之2第4項原地價認定方式之證明文件；亦未於土地增值稅申報書勾選「本筆土地於（按：民國）89年1月28日土地稅法修正公布生效時，為作農業使用之農業用地，檢附相關證明文件__份，請依修正生效時當期公告土地現值為原地價課徵土地增值稅」，據以認定甲及乙、丙雙方當時係主張按一般用地申報土地增值稅之意思，而不適用土地稅法第39條之2第4項之規定，則臺南財稅局嗣依甲之申報內容，以1988年11月公告土地現值作為原地價計算土地增值稅，並無違誤。

從而，高雄高等行政法院認為本件不屬修正前稅捐稽徵法第28條第2項稽徵機關適用法令錯誤之情形；且，縱使本件以修正前稅捐稽徵法第28條第1項納稅義務人自行適用法令錯誤為由申請退稅，依修正前稅捐稽徵法第28條第1項及修正後稅捐稽徵法第28條第5項規定，甲自2015年6月10日繳清土地增值稅款時起至2021年12月19日稅捐稽徵法修正時起，亦已罹逾5年時效......（閱讀全文請參考月旦財稅實務釋評或月旦知識庫）

全文刊登於月旦財稅實務釋評，第48期 　 訂閱優惠