中央流行疫情指揮中心成立期間，對主管機關已開始徵用之防疫物資，有囤積居奇或哄抬物價之行為且情節重大者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣五百萬元以下罰金。

明知自己罹患第一類傳染病、第五類傳染病或第二類多重抗藥性傳染病，不遵行各級主管機關指示，致傳染於人者，處三年以下有期徒刑、拘役或新臺幣五十萬元以下罰金。

散布有關傳染病流行疫情之謠言或傳播不實之流行疫情消息，足以生損害於公眾或他人者，科新臺幣五十萬元以下罰金。

有下列情事之一者，處新臺幣九萬元以上四十五萬元以下罰鍰：
一、醫師違反第九條或第三十九條規定。
二、法醫師違反第三十九條規定。
三、醫師以外人員違反第九條或第四十條第一項規定。
四、醫事人員及其他因業務知悉傳染病或疑似傳染病病人有關資料之人違反第十條規定。
五、違反第三十四條第二項規定。

醫事機構有下列情事之一者，處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰：
一、所屬醫師或其他人員，經依前條各款規定之一處罰者，得併處之。
二、拒絕、規避或妨礙主管機關依第十四條第一項規定指示收治傳染病病人。
三、違反第二十九條第一項、第三十九條第四項、第五項規定。

學術或研究機構所屬人員違反第九條規定，經依第六十四條第三款規定處罰者，併罰該機構新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰。

有下列情事之一者，處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰：
一、違反第二十條第二項規定之儲備、調度、屆效處理或拒絕主管機關查核、第三十條第四項之繳交期限、地方主管機關依第三十五條規定所為之限制、禁止或處理。
二、拒絕、規避或妨礙主管機關依第二十九條第二項、第三十二條第一項所為之輔導及查核或第三十七條第一項第一款至第五款所採行之措施。
三、違反第三十八條第一項、第四十三條第二項、第五十條第四項規定或違反主管機關依第四十四條第一項、第四十五條第一項規定所為之處置。
四、違反主管機關依第四十八條第一項規定所為之留驗、檢查、預防接種、投藥或其他必要處置之命令。
五、拒絕、規避或妨礙各級政府機關依第五十二條、第五十三條第二項或第五十四條第一項所為之優先使用、徵調、徵用或調用。
醫療機構違反第三十二條第一項規定，未依主管機關之規定執行，或違反中央主管機關依第三十二條第二項所定辦法中有關執行感染管制措施之規定者，主管機關得令限期改善，並得視情節之輕重，為下列處分：
一、處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰。
二、停止全部或部分業務至改善為止。

違反主管機關依第二十三條規定所為禁止或處置之規定者，處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰；其情節重大者，並得予以一年以下停業之處分。

有下列情事之一者，處新臺幣一萬元以上十五萬元以下罰鍰；必要時，並得限期令其改善，屆期未改善者，按次處罰之：
一、違反第十一條、第十二條、第三十一條、第五十八條第三項、第五十九條第一項或中央主管機關依第三十四條第三項授權所定辦法有關持有、使用感染性生物材料、實驗室生物安全管理及陳報主管機關之規定。
二、拒絕、規避或妨礙主管機關依第三十三條第二項所為之輔導或查核。
三、未依第四十二條規定通知。
四、違反主管機關依第六十條規定所為之限制或禁止命令。
五、違反第四十六條第一項第一款、第二款、第四款、第四十九條、第五十條第一項規定，未配合採檢、檢驗、報告、消毒或處置。
違反第三十三條第二項規定，未依主管機關之規定執行，或違反中央主管機關依第三十三條第三項所定辦法中有關執行感染管制措施之規定者，主管機關得令限期改善，並得視情節之輕重，為下列處分：
一、處新臺幣一萬元以上十五萬元以下罰鍰。
二、停止全部或部分業務至改善為止。

有下列情事之一者，處新臺幣三千元以上一萬五千元以下罰鍰；必要時，並得限期令其改善，屆期未改善者，按次處罰之：
一、違反第二十五條第二項規定。
二、拒絕、規避或妨礙主管機關依第三十六條規定所定檢查、治療或其他防疫、檢疫措施。
三、拒絕、規避或妨礙各級政府機關依第三十七條第一項第六款規定所定之防疫措施。
四、違反第四十六條第二項檢體及其檢出病原體之保存規定者。
有前項第一款情形，屆期仍未完成改善情節重大者，必要時，得命其停工或停業。

本法所定之罰鍰、停業，除違反第三十四條規定者，由中央主管機關處罰外，由地方主管機關處罰之。但有下列情事之一者，中央主管機關得處罰之：
一、違反第九條、第五十八條至第六十條規定者。
二、於中央流行疫情指揮中心成立期間，違反本法規定。

地方政府防治傳染病經費，應列入預算；必要時，中央主管機關得酌予補助。