壹、前 言

營業人如兼營銷售應稅及免稅貨物或勞務者（下稱兼營營業人），其購進貨物或勞務所含營業稅進項稅額之扣抵，應依兼營營業人營業稅額計算辦法（下稱兼營計算辦法）選擇第7條規定之「比例扣抵法」，或第8條之1至第8條之3規定之「直接扣抵法」申報繳納營業稅。兼營營業人如原採用「比例扣抵法」申報納稅，嗣後發現採用「直接扣抵法」對其較為有利，其是否得向稽徵機關申請更正原使用之扣抵法，並依稅捐稽徵法第28條第1項之規定申請退稅？此退稅之申請，是否會因稅捐稽徵法第28條第1項於2021年12月17日修法後而有不同？

貳、案例事實

營業人A公司係以興建房屋出售為業，依其銷售方式之特性，其於房屋興建前期會產生較高額之進項稅額，但僅會有極少量之銷項稅額。而A公司於申報2014年11～12月即其興建房屋前期之營業稅時，申報其於103年度獲配應計入免稅銷售額之股利收入1,400餘萬元，故其依兼營計算辦法第3條第1項規定計算之「不得扣抵比例」極高，A公司復於申報營業稅時誤採用「比例扣抵法」，致其原本可用於扣抵銷項稅額之進項稅額，絕大部分被劃為不得扣抵，A公司因而申報營業稅額新臺幣（下同）193萬餘元及留底稅額約5萬元。惟倘若A公司係採直接扣抵法，則依計算之結果，A公司毋庸繳納營業稅，A公司遂向稽徵機關申請更正採用之扣抵法為直接扣抵法，並請求稽徵機關作成累積留底稅額約198萬餘元之行政處分，稽徵機關否准A公司之申請後，A公司提起訴願、行政訴訟均經駁回，爰提起本件上訴。

參、最高行政法院見解

最高行政法院107年度判字第550號判決駁回營業人A公司之上訴，其理由主要如下：

一、稅捐選擇權之行使與法安定性：兼營營業人就計算各期營業稅額所使用之「扣抵法」享有選擇權，可以不經申請即逕行適用「直接扣抵法」，鑑於營業稅為「增減量」概念之屬性，前期採行「扣抵法」之轉換，必然會同時連帶影響以下各期稅額，實在很難想像「扣抵法之選擇有溯及效力發生」之可能。從事務本質言之，容許選擇溯及，勢將危害稅捐稽徵程序之安定性。

二、無論選擇「比例扣抵法」或「直接扣抵法」，均屬「計算免稅銷貨項下所對應進項稅額」之法定方式，當事人既然做出選擇，又如何能謂「選擇結果」是稅捐稽徵法第28條之「適用法令錯誤」。

三、稅捐稽徵法第28條規定之適用，是以「發生溢繳稅款結果而有退稅必要」為前提，惟本件A公司並無實際繳納稅款（當期尚有留抵稅額），故與稅捐稽徵法第28條規定之構成要件不符。

肆、判決評析

本文認為，營業人A公司得依稅捐稽徵法第28條第1項之規定申請退還溢繳稅款。

一、前提假設

以下評析係以假設A公司於2014年11～12月有實際繳納稅款之情況進行討論，合先敘明。

二、稽徵機關應准予營業人申請更正扣抵法並退還溢繳稅款

營業人A公司之情形符合稅捐稽徵法第28條第1項之構成要件，稽徵機關應無否准營業人A公司申請更正扣抵法之理。

(一) 營業人得申請自原採用之「比例扣抵法」，更正為「直接扣抵法」

加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）本身並「無」就兼營營業人購買貨物或勞務所生之營業稅進項稅額，應以如何之方式或比例扣抵銷項稅額為相關之規範，而係授權財政部訂定相關之子法；而財政部依營業稅法之授權所訂定之兼營計算辦法，其亦僅就兼營營業人倘若已採用「直接扣抵法」後，3年內不得申請變更扣抵法，惟其並「無」規定兼營營業人原採用「比例扣抵法」後，不得申請更正為「直接扣抵法」。因此，稽徵機關否准兼營營業人之更正申請，於法規範層次上，似有疑慮。

再者，財政部92年1月28日台財稅字第0910456528號函（下稱財政部92年1月28日函）明揭，夫妻合併報繳綜合所得稅時，有不同之課稅方式，納稅義務人原採用其一之課稅方式，嗣後發現該方式所計算繳納之稅額並非最有利，得申請更換另一課稅方式，於財政部92年1月28日函所揭示之背景，其甚且是就稅捐債務之主體即納稅義務人亦允許更正，則於兼營營業人申請更換課稅方式（扣抵法）之情形，應無否准之理，否則即與行政程序法第6條、納稅者權利保護法（下稱「納保法」）第5條所揭示之平等原則相悖。

另最高行政法院107年度判字第550號判決固認為鑑於營業稅為「增減量」概念之屬性，倘若扣抵法有所轉換，則必然同時連帶影響以下各期稅額，難以想像扣抵法之選擇有溯及效力發生，若允許溯及，勢將危害稽徵程序之安定性云云。惟本文認為，倘若因變動扣抵法會影響往後各期之營業稅額，故不允許兼營營業人更正扣抵法，則稽徵機關對營業人補徵營業稅額，亦會對影響往後之營業稅額，稽徵機關難道會因此不對營業人補徵營業稅？此顯非稽徵實務所採。更何況，所謂增減量概念之屬性乙節，事實上亦僅屬稅額計算之技術性問題，並無本質上不可變更或更正之情形，最高行政法院107年度判字第550號判決既然亦肯認兼營營業人對於計算各期之營業稅額所使用之扣抵法享有「選擇權」，又焉能以此為由，否准兼營營業人選擇採用對其最有利之課稅方式？

而與本件判決背景相似的尚有最高行政法院108年度判字第571號判決、最高行政法院105年度判字第497號判決等，固亦均否准兼營營業人退還稅款之申請，其所持理由除與最高行政法院107年度判字第550號判決相類外，尚認為因兼營營業人已申報之營業稅，因業經稽徵機關公告核定，兼營營業人未對該核定提起復查等行政救濟而確定，屬與已核課確定之案件，故不得恣意更正其所選擇之扣抵法，並進而申請退稅云云，然原核課處分是否因納稅義務人未提起復查等行政救濟而確定（具有形式確定力），與納稅義務人是否得申請退稅，應分屬二事。詳言之，依稅捐稽徵法第28條第3項規定：「納稅義務人對核定稅捐處分不服，依法提起行政救濟，經行政法院實體判決確定者，不適用前二項規定」之反面解釋，僅有經行政法院對稽徵機關所為之稅捐行政處分有實體判決確定者（具有實質確定力），始不得依稅捐稽徵法第28條第1項申請退還稅款，易言之，縱使兼營營業人原營業稅申報經稽徵機關公告核定、其未提起復查而告確定，亦不表示該兼營營業人不得申請退還溢繳稅款，最高行政法院93年度判字第783號判決亦肯認具有形式確定力之稅捐行政處分，如確有違法失當，稽徵機關既得於5年之核課期間對納稅義務人補徵稅額，基於平等原則，納稅義務人亦得於溢繳稅款之5年內申請退還稅款。準此，稅捐行政處分是否確定，與兼營營業人得否申請更正扣抵法並進而申請退還其所溢繳之稅款，應無關聯，縱使兼營營業人之營業稅申報已經公告核定且未救濟而確定，仍「不」得以行政處分已確定為由，拒絕兼營營業人更正扣抵法之申請......（閱讀全文請參考月旦財稅實務釋評或月旦知識庫）

全文刊登於月旦財稅實務釋評，第51期 　 訂閱優惠